Program Pemberdayaan yang dilakukan oleh PT Pertanian Sehat Indonesia merupakan model dari bentuk aktivitas yang nyata dan bersentuhan langsung dengan masyarakat dan petani. Terutama petani atau masyarakat kurang mampu baik dari segi modal hingga akses. Model pemberdayaan yang dilakukan ini spesifik dan mengedepankan pembentukan atau pengelolaan komunitas.
Sistem Pemberdayaan yang dilakukan adalah pendampingan mitra program secara intensif yang dilakukan oleh para pendamping. Pengembangan kapasitas petani dilakukan dengan mengadakan kegiatan pelatihan, pembekalan dan praktek langsung. Sedangkan dalam introduksi teknologi pertanian telah dilakukan melalui pelatihan-pelatihan, pendampingan, dan pelaksanaan demonstrasi plot (demplot) teknologi budidaya pertanian.